武漢巖土所成立于1958年10月。根據(jù)當時中南地區(qū)工農(nóng)業(yè)蓬勃發(fā)展的需要籌建，主要計劃從事船舶推進內(nèi)燃水泵及深耕犁的研究，名稱為“中國科學(xué)院武漢力學(xué)研究所”。1959年發(fā)展為五個研究室、二個組、一個綜合加工廠，規(guī)劃主要從事空氣動力學(xué)研究。 

　　1961年，中國科學(xué)院為了貫徹黨和國家提出的“調(diào)整、鞏固、充實、提高”的八字方針，于同年年底決定將武漢力學(xué)研究所110人、武漢機械所44人、廣州力學(xué)研究所籌備人員39人，合并建立中南力學(xué)研究所，所址設(shè)在武漢。其學(xué)科方向放棄空氣動力學(xué)，轉(zhuǎn)為巖土力學(xué)為主，水動力學(xué)為輔。并于1962年1月1日正式啟用“中國科學(xué)院中南力學(xué)研究所”章。 

　　1962年12月14日，根據(jù)所從事的研究內(nèi)容，改名為“中國科學(xué)院武漢巖石力學(xué)研究所”。 

　　1963年9月26日，根據(jù)研究對象的性質(zhì)又改名為“中國科學(xué)院巖體土力學(xué)研究所”，并于1963年12月10日啟用新章。 

　　1970年7月中國科學(xué)院巖體土力學(xué)研究所實行以地方為主的雙重領(lǐng)導(dǎo)，同年12月15日更名為“中國科學(xué)院湖北巖體土力學(xué)研究所”。 

　　1978年6月20日，中國科學(xué)院湖北巖體土力學(xué)研究所改為雙重領(lǐng)導(dǎo)，以院為主。同年12月18日中國科學(xué)院決定將“中國科學(xué)院湖北巖體土力學(xué)研究所”改名為“中國科學(xué)院武漢巖體土力學(xué)研究所”。 

　　1985年4月23日，由研究所申請、中國科學(xué)院批準，改為現(xiàn)名“中國科學(xué)院武漢巖土力學(xué)研究所”。 

　　1987年，中國科學(xué)院武漢科學(xué)儀器廠編制取消，正式并入中國科學(xué)院武漢巖土力學(xué)研究所，成為所屬下級單位，有關(guān)情況另行介紹。 

　　1998年，研究所定位為高技術(shù)應(yīng)用基地型研究所。 

　　2001年12月經(jīng)過調(diào)整充實的巖土力學(xué)開放實驗室被批準成為中科院重點實驗室。 

　　2002年3月，研究所進入中國科學(xué)院知識創(chuàng)新工程體系，同年12月，根據(jù)創(chuàng)新任務(wù)重新組建的環(huán)境巖土工程研究室被批準為湖北省重點實驗室。 

　　2007年1月，巖土力學(xué)與工程國家重點實驗室獲得國家科技部的立項批準。 

　　武漢巖土所現(xiàn)有巖土力學(xué)與工程國家重點實驗室、中國巖土工程研究中心、中國科學(xué)院地下工程災(zāi)變與防護工程實驗室、環(huán)境巖土工程湖北省重點實驗室、污染泥土科學(xué)與工程湖北省重點實驗室、湖北省固體廢棄物安全處置與生態(tài)高值化利用工程技術(shù)研究中心、湖北省地下空間開發(fā)與利用產(chǎn)業(yè)技術(shù)創(chuàng)新戰(zhàn)略聯(lián)盟等科研與技術(shù)支撐平臺。是國務(wù)院學(xué)位委員會批準的首批博士、碩士學(xué)位授予單位之一，是中國科學(xué)院大學(xué)土木工程一級學(xué)科牽頭建設(shè)單位，現(xiàn)設(shè)有土木工程一級學(xué)科、工程力學(xué)二級學(xué)科博士、碩士研究生培養(yǎng)點，土木水利專業(yè)碩士研究生培養(yǎng)點，并設(shè)有土木工程一級學(xué)科博士后流動站。

    經(jīng)過六十多年的發(fā)展，武漢巖土所在計算巖石力學(xué)、深部地下工程、能源地下儲存與廢棄物處置、邊坡災(zāi)害防治、特殊土力學(xué)與工程、海洋巖土力學(xué)和環(huán)境巖土工程等方面的研究形成了獨特優(yōu)勢，是國內(nèi)本學(xué)科領(lǐng)域綜合研究水平領(lǐng)先、具有國際影響力并引領(lǐng)學(xué)科發(fā)展的主力軍。

　　武漢巖土所是中國巖石力學(xué)與工程學(xué)會掛靠單位之一，也是其下設(shè)的地面巖石工程專業(yè)委員會、巖石動力學(xué)專業(yè)委員會，以及中國力學(xué)學(xué)會巖土力學(xué)專業(yè)委員會和中國科學(xué)院自然科學(xué)期刊編輯研究會武漢分會的掛靠單位。主辦了SCI收錄期刊《Journal of Rock Mechanics and Geotechnical Engineering》與EI收錄期刊《巖土力學(xué)》，承辦了EI核心版收錄期刊《巖石力學(xué)與工程學(xué)報》等本領(lǐng)域有影響力的學(xué)術(shù)刊物。 

　　現(xiàn)任所領(lǐng)導(dǎo)為：所長薛強、黨委書記兼副所長陸凱陽、副所長盛謙、副所長安駿勇、黨委副書記兼紀委書記吳青麗。